Строительство Каскада Нижне-Черекских ГЭС, включающих Аушигерскую и Кашхатау ГЭС, было предусмотрено Указом Президента РФ от 14.10.1992 «О государственной поддержке социально-экономического развития Кабардино-Балкарской Республики». Технический проект был предложен институтом «Еревангидропроект». «Институт Гидропроект» существенно доработал его, доведя суммарную мощность до 120 МВт. После рассмотрения нескольких вариантов было решено начать строительство с нижней ступени каскада – Аушигерской ГЭС, так как прокладка деривационного тоннеля Кашхатау ГЭС длиной 4,5 км могла затянуть сроки пуска первых агрегатов.
История строительства ГЭС типична для российской экономики 90-х годов прошлого века. Работы на стройплощадке начались в 1994 году, но вскоре были приостановлены из-за отсутствия финансирования. Необходимые средства удалось изыскать только в 1999 году, а уже в декабре 2002 года состоялся пуск станции. Это позволило повысить долю участия собственных гидроэлектростанций республики в балансе ее электропотребления с 7 до 30%.
Неоценимую помощь в подготовке к пуску Аушигерской ГЭС и персонала для ее эксплуатации оказали коллеги с Ирганайской и Зеленчукской ГЭС. Благодаря им в течение месяца были успешно запущены все три гидроагрегата, а сама станция впоследствии стала кузницей кадров для эксплуатационных и ремонтных служб Кабардино-Балкарского филиала.